孵化器是培育鸡舍动物的工具，它是无法直接购买的，必须通过升级鸡舍来解锁。鸡蛋的数量足够烹饪的时候就可以将部分鸡蛋用作孵化，以便能长期的饲养。将普通鸡舍升级至“大鸡舍”或“高级鸡舍”后，喂料斗左侧会自动出现一个木制孵化装置。大鸡舍最多容纳8只动物，高级鸡舍则能养12只，所以升级的时候还要必根据需求去规划空间。

使用孵化器时手持任意类型的蛋，例如普通鸡蛋、鸭蛋、恐龙蛋等，随后点击装置将其放入。但要注意一旦孵化器启动蛋就无法取出，孵化进程也不可中断。所有蛋的孵化时间统一为9000分钟，唯独恐龙蛋需要18000分钟。如果蛋在孵化期间腐化孵化会自动终止，因此不建议提前囤积太多蛋。

鸡舍容量是新手常踩的坑，当动物数量达到上限时放入孵化器蛋也会处于“待机状态”。此时仍可取出蛋，但孵化进程不会启动。解决方法有两种，可以出售部分动物或建造多个鸡舍互相转移。选择“鸡舍大师”职业后孵化时间将缩短50%，恐龙蛋仅需9000分钟就能破壳，但该效果仅对职业激活后放入的蛋生效。建议优先孵化恐龙蛋，虽然耗时较长但成年恐龙每天会产出新的恐龙蛋，长期收益远超直接出售。当多个蛋排队等待孵化时，系统会按放入顺序逐个处理所以不要担心插队问题。