在沙漠西北部的位置就可以找到骷髅洞穴，但这个位置在前期是锁住的，得到头骨钥匙后才能解锁进入。进入矿井120层后就可以得到钥匙，除了骷髅洞穴，餐吧里面的赛车小游戏也可以用它解锁。此处的层数没有实际的限制，与矿井相似度很高，玩家需在每一层寻找梯子或击败敌人、开采石头的方式进入下一层。

有时会出现竖井，这个道具能直接跳过3-15层数。梯子在生成的时候有20%的可能性转化为竖井，如果某一层存在多个竖井就表示玩家可以下降到对应的层数，因此选择哪一个并不重要。跳下竖井后就会减少当前跳过的层数的三倍生命值，如果在某次洞穴活动里面没有抵达100层，而竖井被计算出会让玩家跳过100层，那么就会直接进入这个层次。此处是没有电梯保存进度的，但每层的起点都有一个梯子，所以可以通过此处离开洞穴。但每次进入的时候都要从第一层开始探索，如果探索的过程中生命值耗尽就会自动出现在诊所中醒来。急诊的手术费用是1000金，部分物品也有可能因为晕倒和丢失。如果金币不足1000就会扣除已有的10%金币。

洞穴中有概率得到铱矿石，探索的层数越深出现的概率越高。击杀洞穴中的怪物也有机会得到矿石资源或者特殊物品。因为这里的敌人战力很强，建议大家携带银河剑或武士刀这类攻击高的武器，当日运气好的时候刷到掉落物、梯子、洞口以及矿石的概率都会增长。初次进入洞穴的时候会在第二天收到齐先生的信件，也就顺利解锁了“齐先生的挑战”任务，抵达25层即可完成任务，奖励则是1万金。如果第一次进入洞穴的时候已经去过25层，任务会在领取的第二天自动完成。

骷髅洞穴的时间流失和农场不一样，会更慢一些。游戏设定的1小时对应了现实世界的43秒，而处于骷髅洞穴的时候会变为54秒。多人模式里面骷髅洞穴会出现史前层，此处的时间流逝又会回到43秒的状态。建议探索的时候吃一些有增益的食物，但要注意吃的那些食物不能有排斥效果，例如新吃的会清除前一个吃下的增益。优先选择能增加运气、战力以及速度的。