捕捉神兽是很多玩家的终极目标，神兽的种类有三圣鸟、三圣兽、超梦、洛奇亚和凤王。三圣鸟作为经典神兽组合，分布在关东地区的不同角落。急冻鸟隐藏在双子岛最深处的冰窟中，需要通过推石头堵住急流才能开辟通路。闪电鸟栖息在无人发电厂的废弃厂房内，只有穿越迷宫般的电路区域才能见到它的身影。火焰鸟则驻守在火焰山的山顶，有时还会出现在灯火山火箭队看守的秘密山洞里。

三圣兽的捕捉方式与三圣鸟截然不同，雷公、炎帝、水君在玩家通关四大天王后会随机出现在关东地区的草丛中。超梦作为游戏中最强大的超能力系神兽，获取流程最为复杂。需要先完成华蓝市道馆的挑战，再通过冲浪来到华蓝洞的最底层，这里的迷宫需要推动巨石搭建通路，最终在洞穴深处会遇到70级的超梦。战斗前务必准备好大师球或大量高级球，因为它不仅拥有极高的特防和恢复能力，还会使用自我再生技能，一旦血量过低就会快速回复。在第八座彩虹岛上，玩家解开岛屿上的谜题后，右下方的洞穴中会出现70级的洛奇亚，而左上方的遗迹里则栖息着同样等级的凤王。

虽然神兽捕捉之后只有30级，但它们的能力和强度都是值得培养的。捕捉过程需要足够的耐心和策略，捕捉时神兽等级均在50级左右，建议携带大量高级球和睡眠类技能控制后再尝试捕捉。