丛林神庙是一个非常重要的区域，只会在后期去探索。它是由特殊砖块构成的建筑，位于地下丛林深处。主要出现在丛林地形的边缘区域，占据四分之一丛林面积。寻找时要携带危险感药水，这种药水能让玩家透过墙壁看到内部的机关和敌怪，橙黄色的蜥蜴砖块是最明显的特征。进入神庙要先击败世纪之花Boss，当玩家破坏丛林中的粉红色花苞后世纪之花就会出现，击败它必定会掉落神庙钥匙。

这把钥匙需要放在背包中，找到神庙大门后右键点击即可开启。首次开启后大门将永久解锁，之后可以自由进出。如果大门被装饰物阻挡，可以使用任意镐子破坏障碍物。想要提前探索的玩家可以在地下丛林找到神庙后，在门前放置三个木平台并用锤子敲击成倾斜状态，同时按住移动键往右下角方向移动，就能卡进神庙内部。或者利用锤子反复敲击砖块和平台，通过变形后的砖块挤压角色模型实现穿墙。

神庙内部有大量的致命机关，火焰喷射器和飞镖陷阱最多。所以要携带工程师工具箱来拆除导线，或使用危险感药水提前发现陷阱位置。地面上的压力板连接着各种机关，一定要跳跃移动避免触发。还要应对丛林蜥蜴和飞蛇类的敌怪，所以要穿戴精金或钛金级别的装备。神庙最深处藏着丛林蜥蜴祭坛，这是召唤石巨人Boss的装置。